自2014年启动新疆棉花目标价格改革试点以来，目标价格补贴政策经过试点启动与初步实施阶段（2014-2016 年）、改革深化阶段（2017-2019 年）、政策完善与常态化阶段（2020 年至今），以保障农户植棉收益，着重提升棉花质量为主要方向，促使棉花种植结构不断优化，产业衔接更加紧密。在2023年4月14日发布的新年度棉花目标价格政策实施措施当中，着重以“稳价格、定量补贴、重质量、加快兵地融合”为主要核心，促进棉花生产提质增效，提升新疆棉花产业竞争力，推动棉花产业高质量发展。
为了稳定棉花种植者预期，提升新疆棉花产业竞争力，不论是在新型补贴模式的探索还是不断完善补贴拨付方式上，近些年相关部门均以保障植棉者基本收益为基本原则，不断优化棉花目标价格改革工作实施方案。以下为历年棉花目标价格改革要点汇总：
新疆棉花目标价格补贴与质量挂钩（以下简称“质量补贴”）政策，是棉花目标价格补贴政策的重要组成部分。根据当年棉花目标价格补贴到位情况，对符合优质棉标准的棉花实际种植者（包含基本农户、植棉职工和农业生产经营单位）发放质量补贴，有效激励优质棉花生产，提升棉花生产加工质量，促进棉花产业高质量发展。自2017年起，新疆在部分棉花主产县开展质量补贴试点工作，引导棉花实际种植者和加工企业持续重视和提升棉花质量。在2023年发布的新疆棉花目标价格补贴与质量挂钩政策中，补贴范围扩大到全区所有产棉县（市、区），有利于解决疆棉“高价低质”的诟病，满足市场的新需求，提高竞争力。
在2024年9月10日发布的《新疆棉花目标价格补贴与质量挂钩政策实施方案（2024—2025年）》当中，在总结已开展棉花目标价格补贴与质量挂钩试点的基础上，从参与条件、申报流程等方面均进行了优化与完善。“不再设置种植面积规模要求”和“符合参与条件的棉花实际种植者，经申报即可参与质量补贴。”这两点重大变化目的在于激励实际种植者不断重视提升棉花质量，增强新疆棉花产业竞争力。从质量补贴标准来看，从2017年的0.2元/公斤到2024年的0.35元/公斤，是以有效激励优质棉花种植、适应市场需求为原则，来调整补贴标准。整体来看，不论是从不再对申报面积规模进行限制，还是简化了申报流程等方面做出的变化，其宗旨都是大力推动新疆提升棉花生产加工质量，促进棉花产业高质量发展，引导棉花生产向规模化、集约化、智能化发展。以下是具体的政策变化亮点：
随着棉花质量追溯体系的逐步建立和完善，以及质量补贴方案不断优化，疆棉花目标价格补贴政策，落实“优棉”要求，服务优质棉花、棉纱基地建设，推动棉花生产流通中体现优质优补、优棉优价。引导棉花实际种植者、棉花加工企业提升棉花质量，提高市场竞争力，促进新疆棉花产业做优做强。
