小棉花作为重要的经济作物及工业纺织纤维原料之一，在国民经济发展中具有特殊的重要作用。新疆作为棉花的主产区，在国内乃至世界都占有举足轻重的地位，其产量约占世界总产量的10%，约占全国总产量的33%。新疆每年约有85%的棉花销售运往内地，所以对新疆棉花运输问题进行研究显得十分必要。
　　为了帮助解决新疆棉花远离内地销区运输成本较高的问题，促进新疆棉销售，保护新疆棉农利益，国家财政部出台了关于新疆棉铁路运输补贴政策。在新疆生产并通过铁路运输移库到内地销区的棉花，不分长度、品级给予一定的补贴。拥有出疆棉所有权的棉花加工和收购企业、经营企业和纺织企业均可享受政府补贴，这在一定程度上大大提升了新疆棉的市场竞争力，使得铁路运输成了新疆棉外运的主要渠道。
　　遭遇运输瓶颈
　　自去年12月以来，铁道部优先安排新疆运棉车皮，加大了国储棉的运输力度，而商品棉的运输步履维艰，当前国内外棉花市场一片低迷，棉花价格极不稳定，由于新疆棉通过铁路运至内地纺织厂存在一定的周期，所以纺织企业采购棉花都是就近买货、随用随买，来疆采购棉花的纺企少之又少。
　　因此，将棉花移库至内地销售成了众多棉企的首选，因棉花价格很透明，棉企、纺企利润微薄，所以在运输上只能选择相对便宜的铁路运输。由于装运棉花的车皮数量有限，而大量的棉花又要集中发运，这势必会产生棉花运输车皮的阶段性紧张。在运输高峰期，全疆日装车数量不足百车，这远远不能满足纺织企业的用棉需求，所以运输问题成了制约棉花市场正常发展的一个主要 “瓶颈性因素”。
　　铁路运力紧张，公路运输价格高昂
　　在近几年国内棉花价格经历了几次过山车式的较大波动，棉企及纺企的恐慌心理也逐年加剧，都不愿意将棉花在新疆站台积压过久，于是大家都蜂拥抢着运输，大批待运的棉花积压站台导致新疆棉外运压力更进一步加大。再加之国家根据国内需要，煤炭、石油、天然气、化工被铁路部门调至运输的重要位置，棉花运输则从“一级运输物资”调到“二级运输物资”，这更使得大量棉花的运输问题雪上加霜，这在一定程度上造成国内棉花供给出现阶段性紧张。
　　由于铁路运输紧张，小部分企业迫于定单的压力，在原料库存急缺而铁路运输又不能及时发运时只好采用公路运输，但公路运输费用相比铁路运输要高出很多。
　　还有的企业为了加快发运速度，把南疆站台的货短倒至北疆站台来发运，这样不仅要多支付一份仓储费，还要多支付两发运站间的公路运费，但折算下来通过公路运输仍比铁路运输的费用高出很多。
　　存在的其他问题
　　面对当前复杂的国际经济形势，人民币汇率变动频繁，纺织企业的订单往往是数月以后的，如果原料不能及时供给，企业不仅要承担因不能及时交货而支付违约金的风险，还要承担汇率变动所带来的结算风险，因此这将直接影响企业的市场竞争力。但企业为了生存，考虑到机会成本，在库存极度不足的情况下还是不得不选择公路运输以确保生产不受影响。自去年9月底新棉采购年度开始，部分企业采购的棉花在发运站存放数月，有的至今也没发出几车，他们不仅承担长时间积压而带来价格变动的风险，而且也要面对不能及时回笼资金所支付的高额财务费用，所以棉花的发运问题成了所有棉花同仁们所共同牵系的对象。
　　铁路运输衍生经济效应
　　纺织企业为了满足正常的生产，避免因不能满负荷生产所带来的不必要的损失，棉花贸易企业为了避免价格频频变动带来的经营风险，各企业纷纷在为发运问题绞尽脑汁，随之一系列的经济问题自然产生了。
　　棉花快速发运出去是很多企业目前急需解决的难题，所以各企业为了及时将棉花运出，会通过各种措施发货，这难免会发生金钱等形式的黑幕交易。而发运站和铁路相关部门也会乘此机会为自己谋利。在这种金钱和物质的诱惑下，势必会有一部分人经不住诱惑，引起各种商业腐败现象的产生，这严重削弱了市场竞争机制能有效避免社会资源低效率配置的功能。
　　对棉花产业链的波动产生放大效应
　　为有效防止棉花在铁路运输途中的火灾事故，铁路运输安监部门要求：凡通过铁路运输的棉包水分一律不能超过10%，而且加工企业必须用塑钢打包代替原来的铁丝打包方式。棉花企业为了及时发运，不得不改换打包丝，对于水分超过10%的棉包进行重新加工，这在一定程度上将会大大抬升企业的生产成本，从而降低企业的总体利润率。
　　由于新疆棉花在全国棉花总量中所占份额较大，采用单一的铁路运输方式，在运力紧张时如果不能及时将棉花运至内地，往往会造成棉花市场短暂的市场供求失衡。这样一来，棉花的实际到货价格在短期内将大幅提高。由于信息的不对称性，企业判断棉花价格上涨的原因主要在于供给能力不断降低，企业预期后期棉花采购更加困难成本更高而纷纷扩大现阶段棉花采购，从而新一波棉花价格波浪式上涨不可避免。棉花作为纺织产业链的上游商品，其价格上涨对企业利润空间的压缩将被逐级转嫁到下一级产业链上，而该级产业链上的企业会在“蝴蝶效应”的驱动下快速放大。
　　建立棉花供需信息平台
　　（一）积极推动新疆棉花供需信息平台建设，避免棉花短期内蜂拥外运。
　　棉花是新疆“一白一黑”经济战略格局的重要组成部分，从长远和全局考虑，要想长期发展新疆农业必须紧紧抓住棉花战略不放松。而棉花作为一种行业公共物品，政府负有责无旁贷的供给义务。因此，政府应建立棉花供需信息平台，这可有效避免棉花需求企业的盲目采购，使棉花市场健康快速发展，从而带动新疆棉花的种植和生产，同时也可消除棉花需求企业的无序竞争，防止棉花短期内蜂拥外运。
　　（二）权衡利弊将铁路运输补贴改公路补贴。
　　政府主导的铁路补贴政策无疑削弱了公路运输与铁路运输的竞争力。以阿克苏发到南京为例，如果对公路运输进行补贴，那么铁路运输只比公路运输节省20元，这在纺织企业下游的市场上也很容易被消化，极大地节省了企业的生产成本。这既不违背国家对新疆棉运输补贴的初衷，还使更多的物资运出新疆，从而带动新疆地方的经济发展。而保持棉花生产的可持续发展能力，必须首先突破单一的运输瓶颈，所以如果给公路运输进行补贴，可明显缩小铁路运输和公路运输的成本差距，对纺织厂、棉花贸易企业来说是一大利好。发运棉花的企业可根据自身的情况选择适当的运输方式，彻底摆脱单一运输的瓶颈。