据自治区农业部门统计，2012年，新疆棉花总产量占全国棉花总产量的比重首次超过了50%，达318万吨。
作为国家重要棉花产区的新疆，已连续20年实现棉花种植面积、单产、总产和调出的全国第一，可在棉花增产丰收的背后，棉花种植成本不断提高、劳动成本的不断上升、棉花价格持续走高等等一系列市场环境变化，给新疆棉花种植制造了新的难题，也带来了新的发展机遇。市场供需形势发生逆转
新疆农业科学院经济作物研究所所长孔庆平介绍说，2008年前后，中国棉纺织工业凭借其低廉的劳动成本在世界范围内异军突起，带动了国内市场对棉花的大量消费，一度达到1100—1200万吨的高峰。而2008年全国棉花产量在750万吨左右，根本无法满足国内市场的消费需求，所以对外依赖度很高，需要大量进口。
2009年，世界经济开始出现衰退，棉纺织行业在国际市场上的竞争力减退，国内棉花的消费量也随之减少。据有关部门统计，2012年全国棉花消费量在700万吨左右，其中有近400万吨棉花从国外进口。2011年国家收储棉花剩余近300万吨，2012年全国棉花产量660万吨左右，所以，目前棉花的供应远远超过了棉花所需消费，与2008年的市场供需情况截然相反。
孔庆平说，棉花供需失衡，将导致棉花出现积压，库存爆满，长时间的积压还会降低储备棉花的品质等级。更严重的问题是，供需不平衡将导致产量不均匀，还会直接影响到第二年的棉花价格。棉花价格波动，对棉纺企业和农民都将造成不良影响。
中国的棉花种植大多属于高投入、高产出，依赖人力进行的小规模生产，棉花种植成本较世界其他产棉地区高出很多。和一些农业发达国家相比，中国在棉花种植方面，给予的优惠政策和资金扶持力度也少。
孔庆平和小编粗略地算了一笔账，中国棉花种植只有每亩15元的良种补贴，加上农机补贴、综合补贴，棉花每亩补助也就在30元左右。而美国对其国内棉花种植的补助可达棉花种植成本的30%—45%，棉花成本效益不断降低按当前美国棉价核算，每亩补贴资金在350元左右。这样的补贴差距，再一次拉高了中国棉花的市场价格，减少了国内棉花的市场竞争力。
孔庆平说，在内地一些棉花产区，棉花的亩产在70公斤左右，按照当前20400元/吨的收储价格，每亩棉花毛利在1428元，勉强赶得上种植粮食的收益。但棉花种植比种粮食更费时费力，所以农民肯定更愿意选择种植别的作物。新疆种棉具优势有前景
目前，国内棉花市场需求正在减少，棉花比较效益较低，这将加速内地棉区的萎缩。
据孔庆平介绍，我国对棉花的基本需求量依然很大，这将逐渐迫使棉花种植向更适宜、更高产高效的地区转移。而新疆凭借独特的自然条件，棉花增产增收的潜力非常大，加之目前新疆一些地区棉花的平均亩产已经接近140公斤，单产的提高带动了棉花比较效益的提高，可帮助新疆棉花“站稳脚”。近两年来，新疆棉区也在向规模化、集约化发展，机械化程度不断提高，规模效益可在今后逐渐实现。另外，棉花新型技术对其增产增收的支撑也更加明显。新疆棉花六七年后将逐渐形成1000万亩规模的优势产区，届时，优势产区的棉花亩产将达到200公斤。
孔庆平说，今后几年，新疆棉花总产量占全国总产量的比重将逐渐提高到60%，甚至个别年份会更高。
近年来，国家为了保护棉农的种植利益和棉花的稳定生产，制定了棉花临时收储价格制度，但临时收储价格只能在短时间内稳定棉花的生产，从中长期来看，缺乏对市场行情的判断和预期。
孔庆平认为，国家应该从战略高度重视棉花的收储价格制度，建立与汇率、比较效益挂钩的稳定的最低保护价格制度，让纺织企业和棉农有一个稳定的中长期价格预期，保持棉花的稳定配套生产。稳定的最低保护价格制度将能够综合运用市场信息，让棉花生产有效地受到市场价格的调动，避免价格波动带来棉花生产不均匀，减少对农民和下游纺织企业的冲击，对稳定国内棉花市场行情意义重大。同时，他还希望国家能加大对棉花生产的直补力度，把棉花生产纳入农资直补，加快推进棉花生产机械化进程，推广以机采棉为核心的全程机械化生产模式，降低棉花生产的用工量和用工成本，提高棉花生产效率。
