从2014年开始，新疆将结束棉花敞开收储的政策方式，试点对棉农进行直补。国家发改委已确定新疆作为棉农直补政策的唯一试点区域，计划将过去行政色彩浓厚的棉花临时收储政策改为强化市场作用的棉农直补政策。
棉花收储政策的变化也成为自治区十二届人大二次会议各棉花主产区地州代表团热议的问题。棉花产量占全疆棉花总产量1/3的阿克苏地区代表团向大会提交议案，建议根据国际棉花产业大环境和市场供求情况，按照“稳定面积、科学投入、提高单产、改善品质”的原则，对种植棉花的农民进行补贴，鼓励农民种植优质棉花，全面提升棉花品质，促进棉花产业可持续健康发展。
对于棉农补贴标准，阿克苏地区代表团建议，实行价格差额补贴后的籽棉均价应保持在9元/公斤（合皮棉价22.5元/公斤）以上才较为合理，即当市场籽棉平均收购价格低于基准价9.0元/公斤时，按实际收购价与基准价之间的差额由国家财政进行补贴，如籽棉平均收购价格高于9.0元/公斤，则不需要补贴。每公斤9元的基准价是根据当地多年的测算情况及棉花生产物化投入成本和人工成本核算出来的。
阿克苏地区代表团还建议，棉花直补可采用现行的“粮食直补”兑付模式进行，即：根据销售票据采取当年收购当年补贴的方式（即时销售即时兑付），兑付时间应于当年完成。
目前，新疆棉花总产量已经连续20年位居全国第一，是最具比较优势的棉花产区。去年，全疆棉花种植总面积为2538万亩，棉花总产量351.8万吨，与上年持平。
