大豆、棉花直补政策的市场价格将使用采价的方式，目标价格补贴发放将分两步进行。
根据资料内容，当市场价格低于目标价格时，国家启动目标价格补贴。与目标价格对应的棉花、大豆市场价格为采价期内全省(区)平均市场价格。采价期为农产品的集中上市期，其中棉花为当年的9月至11月，大豆为当年10月至次年3月。根据历史经验，在实施临时收储前，采价期棉花、大豆的交售量分别达到全年交售量的85%、80%左右，基本能够代表试点地区的实际出售价格。国家将采集到厂(库)价格作为市场价格，即棉花采集轧花厂收购籽棉的价格，大豆采集粮食收储企业、大豆加工企业收购大豆的价格。
目标价格补贴对象是试点地区种植者，其发放分两步进行，一是采价期结束后，如果市场价格低于目标价格，中央财政按照目标价格与市场价格的差价和国家统计局统计的产量，核定对每个试点省(区)的补贴总额，并将补贴额一次性拨付到试点地区。二是试点省区根据实际情况制定具体补贴办法，负责将中央拨付的补贴资金及时、足额发放到种植者手中。
中信期货分析师表示，从内容来看，未来棉花直补政策的市场价格应该是新疆一个地区的均价。这有两点利好：一个新疆区一个价，这样无形提升了全疆的棉花价格，而且9-11月采集，在价格最低时采集价格，补贴力度会比较客观。
市场人士称，如果市场价格确定使用采价方式，可能造成地区价格的不平衡。如果一个地区价格普遍偏低，补贴相对较少，反之，则高。那么地区间的售卖利润也将出现分化，市场格局或将重新划分。
