棉花苗期发生的病害种类较多，但归纳起来可划分为两类。一是地下部棉苗根部病害，主要有立枯病、炭疽病和红腐病等；二是地上部棉苗叶片病害，主要有褐斑病、黑斑病、轮纹病、炭疽病等。相比较而言，常年对棉花生产威胁较严重的是棉苗根病，在多雨低温年份，根病对棉苗危害尤为严重，棉花播种后要么烂种烂芽，要么因病死苗，使棉田缺苗断垄。棉苗被病菌侵害后即便侥幸不死，也生长缓慢，生育期推迟，在最佳结龄期内结铃少，霜前花量少，造成棉花减产降质。要防病保苗，达到棉苗全、齐、匀、壮的目的，在棉花苗期病害防治措施上应主要抓好以下三点：一是要采取一系列优良栽培措施，创建对棉花生长发育有利的环境，促使棉苗健壮生长，增强棉苗的抗病力。在棉花播种前，对棉田施足底肥，精细平整土地，达到能灌水也能排水，灌水造足底墒，及时耙耢保墒，保持土壤疏松，根据天气状况，选用高质量棉种，做到适期播种。棉花出土后，要及时进行中耕松土，使土壤增温透气，促进发根壮苗。低温多雨时，要及时中耕和围棵松土，破除地面板结，清棵晾根，以减少病菌侵染机会。地膜覆盖棉田由于小气候的改变，棉花苗病一般重于露地直播棉，要选择适宜的播期播种，尽可能减轻苗期病害。二是用化学农药处理种子，以消灭病原菌，减少病菌来源。有条件的可直接选用商品化的脱绒包衣棉种，不仅可以防治苗病，而且可兼治苗期虫害。如果不是包衣棉种，可用０.３％～０.４％多菌灵胶悬剂常温浸种１４小时，或用４０％多菌灵可湿性粉剂、４０％拌种双可湿性粉剂，按干棉种重量的０.５％拌种，对防治苗病效果良好。三是在遇阴雨寒流天气时，棉苗叶片病害可能发生较重，这时可用４０％多菌灵或５０％退菌特等杀菌剂５００～８００倍稀释液进行喷雾防治，效果良好。